Henk-Jan van Slooten studeerde geneeskunde in Leiden en promoveerde daar op onderzoek naar de rol van celdood regulatie bij chemoresistentie in borstkanker. Een deel van zijn promotie-onderzoek deed hij in het Geraldine Brush Cancer Research Institute in San Fransisco.
Zijn opleiding tot patholoog deed hij in Amsterdam (AMC, OLVG). Daarna is hij ruim 13 jaar werkzaam geweest in Alkmaar (Noordwest Ziekenhuisgroep, Symbiant), waarvan het laatste half jaar als bestuurslid van Symbiant. In Alkmaar was hij als opleider lid van de Centrale Opleidingscommissie en mede-oprichter van de Borstkliniek. In 2018 heeft hij de overstap gemaakt naar Pathologie-DNA en is hij werkzaam op de locatie Nieuwegein.

Henk-Jan is vanaf 2013 bestuurslid van de Stichting Palga en hierin medeverantwoordelijk voor de ontwikkeling van de protocollaire verslaglegginsmodule. Hij is mede-organisator van diverse symposia over moleculaire diagnostiek.