Emiel Ruijter werd opgeleid in het Radboudumc Nijmegen waar hij in 1998 ook promoveerde in de Urologische Pathologie. Na vijf jaar werkzaam te zijn geweest in het Amphia Ziekenhuis te Breda verruilde hij deze baan voor zijn 'droombaan' op de afdeling Pathologie van Rijnstate. Hij is staflid van het Rijnstate en Ziekenhuis Gelderse Vallei in Ede. Van 2006 - 2012 heeft hij de voorzittersrol van de beroepsbelangen commissie van de NVVP vervuld.